ナノポアアセンブリツールについて

気が付くとブログを書くのも随分久しぶりですが、年末のAdvent カレンダーという締め切りを持つことで、バラバラになっている知識をまとめて、また理解が足りない点を補足する自身の勉強のためにも書きました。今回は特にナノポアのシークエンスデータに対し…

ナノポア解析ワークフロー

鶴岡の学会で発表した内容が早口でメモできなかったというお声を聴きまして、内容を掲載します。諸般の事情により、スライドをそのままアップすることが出来ないため、ワークフローの部分のみの掲載となる点、ご了承ください。 以下、ナノポアのDe novo アセ…

NGMLR とSniffles

すっごく久しぶりになりますが、ロングリード用のマッピングツール(NGMLR)とその構造変異のツール(sniffles)に関する論文を少し細かく読んだので、ブログに書いておくことにしました。 Accurate detection of complex structural variations using singl…

アンガーマネージメント

このブログには基本データ解析に関する話を書こうと思っていたのですが、自分の備忘録的に久しぶりに投稿します。 今日は久しぶりにfuriousな事案が発生しました。furiousは日本語だと怒り狂うみたいな感じですが、なんというか、怒った(angry)のレベルでは…

EdgeRと一般化線形モデルまわり

ちょっと仕事も含めて、EdgeRの一般化線形モデルをじっくり見る必要があったので、そのあたりのメモ。EdgeRは以前見たときは、1因子はExact Test をしていて、多因子の時が一般化線形モデルという話だと思ったけれど、最近は1因子でも一般化線形モデルという…

肌に付着した菌叢からの個人特定

これはアドベントカレンダーの企画の記事です。これを機にブログなどはじめてみようかなと。 仕事柄、比較的よく論文を読み、ほほーと思っているので、今年一番面白かった論文というのを決めるのは難しいのですが、クライムサスペンスドラマ好きな私にとって…